На основании приказа Федеральной службы войск национальной гвардии Российской Федерации от 30 сентября 2016 года сформирован Отдел Федеральной службы войск национальной гвардии Российской Федерации по Карачаево-Черкесской Республике.

Основой для формирования Отдела Федеральной службы войск национальной гвардии Российской Федерации по Карачаево-Черкесской Республике составили подразделения Министерства внутренних дел Российской Федерации по Карачаево – Черкесской Республике, такие как отряд мобильный особого назначения, специальный отряд быстрого реагирования, авиационный отряд специального назначения, подразделения лицензионно-разрешительной работы и Федеральное государственное казенное учреждение «Управление вневедомственной охраны МВД России по Карачаево-Черкесской Республике».

17 июля 2018 года в соответствии с приказом Федеральной службы войск национальной гвардии Российской Федерации Отдел Федеральной службы войск национальной гвардии Российской Федерации по Карачаево-Черкесской Республике переименован в Управление Федеральной службы войск национальной гвардии Российской Федерации по Карачаево-Черкесской Республике.

Место дислокации Управления Федеральной службы войск национальной гвардии Российской Федерации по Карачаево-Черкесской Республике: 369012, Карачаево-Черкесская Республика, город Черкесск, улица Доватора, дом 44.